تاثیر افزایش تراکم نشانگرها بر صحت پیش بینی ارزش های اصلاحی ژنومی

در این مطالعه، ژنومی متشکل از 3 کروموزوم هریک به طول 100 سانتی مورگان شبیه سازی شد. تعداد متفاوت نشانگر روی هر کروموزم با تراکم مختلف (100 نشانگر با فواصل 1 سانتی مورگان، 200 نشانگر با فواصل 0/5 سانتی مورگان، 1000 نشانگر با فواصل 0/1 سانتی مورگان و 2000 نشانگر با فواصل 0/05) در نظر گرفته شد. 30 مکان صفت کمی یا QTL که به طور تصادفی روی کروموزوم پراکنده شده بودند، شبیه سازی شدند. جمعیتی با اندازه موثر 100 فرد (50 نر و 50 ماده) شبیه سازی شدند. این ساختار جمعیتی برای 50 نسل با آمیزش تصادفی ادامه یافت تا عدم تعادل پیوستگی مورد نظر بین نشانگرها و QTLها به وجود آید. بعد از 50 نسل آمیزش تصادفی، اندازه جمعیت به تعداد 1000 فرد (500 نر و 500 ماده) در نسل 51 گسترش یافت. این اندازه جمعیت برای 8 نسل بعدی (تا نسل 58) ثابت ماند. برای افراد نسل 51 و 52 فنوتیپ با وراثت پذیری 0/5 و 0/1 شبیه سازی شد. از اطلاعات فنوتیپی این افراد جهت برآورد اثرات نشانگرها استفاده شد و صحت برآورد ارزش های اصلاحی ژنومی در افراد این دو نسل و نسل های بعدی محاسبه گردید. نتایج آزمایش اول نشان داد که برای صفات با وراثت پذیری بالا هرچه تراکم نشانگرها بیش تر باشد، صحت برآورد ارزش های اصلاحی ژنومی نیز بیش تر است. اما برای صفات با وراثت پذیری پایین افزایش تراکم نشانگری تا یک میزان مشخص (تراکم نشانگری با فواصل 0/1 سانتی مورگان) باعث افزایش صحت برآورد ارزش های اصلاحی ژنومی می شود و افزایش تراکم نشانگری بیش از آن سبب کاهش صحت برآوردها می شود. نتایج آزمایش دوم که در آن تنها از اطلاعات فنوتیپی نیمی از افراد نسل های 51 و 52 جهت برآورد اثرات نشانگرها استفاده شده بود، نشان داد که با کاهش تعداد افراد در این گروه صحت برآوردها نیز کاهش می یابد. در هر دو آزمایش، صحت برآوردها در صفات با وراثت پذیری بالا در تراکم نشانگری یکسان بیش تر از صفات با وراثت پذیری پایین بود. نتایج این مطالعه نشان داد که صحت برآورد ارزش های اصلاحی ژنومی پس از گذشت نسل ها از نسل هایی که آثار نشانگری در آن ها برآورد شده است، به تدریج کاهش می یابد.